В спецификации к экспортному договору всегда вводится цена закупки без НДС которая является конечной, в вашем договоре все было правильно, а насчитывать на эту сумму НДС поставщик не имел права, т.к. это экспорт. А завод приплюсовал НДС, так как продавал товар словацкому предпринимательскому субъекту, т.е. резиденту ЕС. Если бы российская фирма покупала прямо с завода, никакого НДС бы завод к своей цене не приплюсовывал, т.к. это бы была прямая экспортная поставка за пределы ЕС.

Конечно с поставщиком, который поимел с вас 19% суммы поставки, не указанных в договоре.

Как это не накидывал? Ведь 19% НДС получается целиком пошли ему в карман.

Если поставщик купил товар внутри страны с НДС на 119 000 и продал за пределы ЕС без НДС за 100 000, он никак не будет в убытке, т.к. 19 000 НДС ему спишется с баланса в налоговом отчете. Другими словами если за квартал с какой-то другой своей деятельности он должен будет заплатить НДС в размере к примеру 25 000, то он заплпатит только 6000, т.к. 19 из 25 он уже заплатил через производителя за товар, который был экспортирован из ЕС и поэтому не облагался НДС на выходе. Фактически он купил товар за 100 000 и продал за 100 000 , а 19 000 из 25 000 пречитающегося с него НДС за другую деятельность он просто заплатил не прямо налоговой а через завод, изготовивший экспортированный товар. Даже если у поставщика не было никакой деятельности кроме этой, и никакого НДС он налоговой за этот квартал платить не должен, ему все равно эти 19000 вернуться, так как за этот квартал ему вылезет отрицательный баланс НДС (-19000), он напишет заявление в налоговую о отрицательном балансе, вызванном экспортом и в течении 6 месяцев налоговая рассмотрит его заявление и выплатит ему все 19000 ровненько на банковский счет. А они с тебя насчитали еще 19000 сверху, которые явно пошли им в плюс, а не в 0 как ты пишешь.

Теория:
НДС - Налог на Добавленную Стоимость (по-словацки DPH - Daň z pridanej hodnoty) расчитывается как разность между НДС на выходе (приходный) и НДС на входе (расходный). Приходный = 19% со всех проданных товаров и услуг за данный отчетный период, расходный = 19% со всех купленных товаров и услуг за данный отчетный период. На предприятии, продающем товары и услуги на внутреннем рынке ЕС при условии его рентабильности эта разность всегда положительная (приход больше расхода), следовательно эту сумму оно оплачмвает как результат НДС налоговой инспекции. Однако при продаже товара за пределы ЕС, превышающей продажу на внутреннем рынке, за счет освобождения от НДС экспортных поставок эта разность становится отрицательной, и в этом случае предприятие пишет заявление в налоговую, поясняя, что признаком отрицательного результата НДС стал доминирующий экспорт, и с просьбой выплатить эту величину на указанный счет фирмы. Налоговая рассматривает это заявление, подшивает и выплачивает фирме указанную сумму, как правило даже без проверки фирменной документации. Но если случается плановая налоговая проверка, то она как правило начинается с проверки оснований на все полученные от налоговой НДС.

Практика: В 90-е годы я несколько лет работал в довольно крупной словацкой компании, одним из основных направлений которой была ВЭД (Внешнеэкономическая деятельность) в качестве менеджера по экспорту в страны СНГ и конкретно занимался поставками химических компонент словацкого производства в страны СНГ. На моей памяти как минимум раз 10 случалось, что в квартальном отчете экспортный сбыт превышал внутренний, и каждый раз наша фирма получала отрицательный НДС от налоговой. В то время даже никаких заявлений не надо было писать - если в налоговом отчете вылезал отрицательный НДС, налоговая автоматически его выплачивала на банковский счет фирмы. Причем также просто НДС получали от налоговой и все убыточные фирмы, у которых расход превышал приход, и которые экспортом вообще никогда не занимались. Теперь этот возврат немного усложнился, надо писать заявление в котором необходимо указать причину появления отрицательного результата НДС, налоговая рассмотрит и если это из-за экспорта, то вернет обязательно, а если из-за нерентабильности предприятия, то первый раз вернет,  второй раз подумает, а в третий начнет проверять - чего это так долго предприятие нерентабельное, и может его уже пора лишать регистрации на НДС. Поэтому нерентабильные предприятия как правило вообще заявлений не пишут и дарят весь расходный НДС словацкому государству.